Nejtypičtějším příznakem poškození česneku je houbovatění pletiv spojené s deformacemi celých rostlin. Silně poškozeno bývá zejména podpučí, které často praská a vyrůstá z něho omezený počet kořenů. Praskání a až vyhřeznutí podpučí je typické především pro cibuli kuchyňskou.
Choroby česneku jak v průběhu vegetace, tak i během skladování způsobuje komplex několika hub. Jedná se zejména o houby Fusarium spp., Botrytis spp., Penicillium spp., houbu Sclerotium cepivorum a v některých lokalitách pak i houbu Helmithosporium allii. Jestliže se napadení projeví již v průběhu vegetace, dochází ke žloutnutí listů, redukci kořenů a poškození podpučí. Následkem toho napadené rostliny postupně vadnou a odumírají. V průběhu skladování česneku dochází k tzv. "trouchnivění". Při něm postupně nekrotizují a sesychají jednotlivé stroužky až uschne celá cibule. Na průřezu cibulemi jsou zřetelně vidět jednotlivé zasychající stroužky a mezi nimi je většinou bílý, narůžovělý, světle šedý nebo modrozelený povlak hub. Barva tohoto povlaku je odvislá od původce hniloby.
Botrytis gladiolorum (syn. B. cinerea) způsobuje na hlízách hluboké skvrny, především v místě vegetačních vrcholů, které někdy vypadávají. Na listech způsobuje světlé, později černohnědé drobné skvrny, které se postupně prodlužují. Na květech jsou skvrny sklovité. Fusarium oxysporum f. sp. gladioli způsobuje na hlízách propadlé tmavé okrouhlé skvrny a na průřezu napadenou hlízou jsou zřetelné tmavé svazky cévní. Choroba se projevuje slabším růstem, žloutnutím listů od špiček a odumíráním rostlin. Obdobné příznaky způsobuje i Stromatinia gladioli, avšak na bázích listů se vytvářejí drobná černá tělíska. Velmi podobné skvrny na hlízách jsou i po napadení houbou Septoria gladioli, která na listech způsobuje okrouhlé, přibližně 5 mm velké, černě lemované skvrny s černými drobnými plodničkami. Škody způsobuje především na mladých rostlinách vypěstovaných z brutů (korálků). Skvrny s modrozeleným plísňovým povlakem způsobuje Penicillium gladioli, která napadá zejména oslabené nebo poškozené rostliny.