Nejtypičtějším příznakem poškození česneku je houbovatění pletiv spojené s deformacemi celých rostlin. Silně poškozeno bývá zejména podpučí, které často praská a vyrůstá z něho omezený počet kořenů. Praskání a až vyhřeznutí podpučí je typické především pro cibuli kuchyňskou.
Larvy této mouchy vnikají mezi listy a vyžírají jejich báze. Často pronikají až k vegetačnímu vrcholu. Následkem toho se nadzemní části rostlin česneku kroutí a deformují. Pletiva poškozená larvami houbomilky jsou velmi často druhotně napadána bakteriemi nebo houbami a rostliny pak podléhají hnilobám a hynou. Hynou ale i rostliny u nichž je poškozen vegetační vrchol. Slaběji poškozené rostliny mají podstatně menší a nekvalitní cibule.
Choroby česneku jak v průběhu vegetace, tak i během skladování způsobuje komplex několika hub. Jedná se zejména o houby Fusarium spp., Botrytis spp., Penicillium spp., houbu Sclerotium cepivorum a v některých lokalitách pak i houbu Helmithosporium allii. Jestliže se napadení projeví již v průběhu vegetace, dochází ke žloutnutí listů, redukci kořenů a poškození podpučí. Následkem toho napadené rostliny postupně vadnou a odumírají. V průběhu skladování česneku dochází k tzv. "trouchnivění". Při něm postupně nekrotizují a sesychají jednotlivé stroužky až uschne celá cibule. Na průřezu cibulemi jsou zřetelně vidět jednotlivé zasychající stroužky a mezi nimi je většinou bílý, narůžovělý, světle šedý nebo modrozelený povlak hub. Barva tohoto povlaku je odvislá od původce hniloby.